創世記一章で「創造された」と記されていない生き物（微生物・ウイルス）などはどうやって出て来たのですか？

聖書は、生物学的な立場に立ってすべてのことを記しているわけではありません。しかしながら、根粒菌（こんりゅうきん）のように、植物と共生して栄養のやりとりをしている細菌がいますので、おそらく細菌の一部は植物と同時に造られたと考えられます。しかし、創造の初めには「すべて良かった」と書かれているので、害毒を生じる「悪い」細菌やウイルスは、人間の堕落以降、それまで良かったものが変化して生じたと考えられます。